1 września 1939 r., to był piątek, wybuchła wojna. Mieszkańcy gminy w pewnym sensie na tę wiadomość byli przygotowani. 30 sierpnia ogłoszono powszechną mobilizację. Z parafii Łysobyki, tj. z Łysobyk, Drewnika, Przytoczna, Krępy, Charlejowa, Woli Blizockiej zmobilizowano ok. 200 poborowych. Wśród części mieszkańców gminy istniało przeświadczenie, że wojsko polskie przynajmniej długo będzie się trzymało na pierwszej linii. Pierwsze wiadomości o wybuchu wojny mieszkańcom gminy przyniosło radio. W Blizocinie nauczyciel Nieśpiałowski ustawił radioodbiornik w oknie sali lekcyjnej i przy nim zebrała się grupa mieszkańców. Jedni stali cały dzień, inni przystawali na chwilę, a potem szli do swoich zajęć polowych. Słuchano, dyskutowano, szukano w grupie wsparcia i pocieszenia. Ok. godz. 8 przed szkołą zebrały się dzieci, które wraz z nauczycielem miały wziąć udział w nabożeństwie w kościele sobieszyńskim z okazji rozpoczęcia roku szkolnego. Niestety dzieci nie poszły do kościoła i jak dorośli słuchali komunikatów radiowych, a potem zebrały się w sali lekcyjnej, by porozmawiać z wychowawcą.
Już 1 września w Blizocinie słychać było wybuchy bomb zrzucanych przez samoloty wroga na dęblińskie lotnisko. 2 września Niemcy bombardowali lotniska w Ułężu i Podlodowie. Tego dnia wieczorem mieszkańcom Łysobyk napędzili strachu uchodźcy z Dęblina. Poziom niepokoju musiał być wysoki, skoro w niedzielę 3 września miejscowy proboszcz ks. Jan Kazimierczak uspokajał parafian, przekonywał, by nie wierzyli we wszystko, co mówią uchodźcy, gdyż przemawia w nich strach. Tego samego dnia do Łysobyk przybyli lotnicy, którzy stacjonowali w majątku w Przytocznie, ale nie zatrzymali się na dłużej. Najprawdopodobniej byli to piloci z Ułęża i Podlodowa, którzy kierowali się w kierunku granicy z Rumunią. Być może z przemieszczeniem owych pilotów należy wiązać zaginięcie Wacława Sikorskiego z Łysobyk. Wedle relacji krewnych: Ktoś przyjechał do niego, kazał wziąć furmankę i już do domu nie wrócił. Wzięcie go w podwody przez lotników wydaje się wysoce prawdopodobne. Piloci zdołali przedostać się do Rumunii, zaś Sikorski mógł zginąć w drodze powrotnej.
3 września nad doliną Wieprza mieszkańcy Blizocina obserwowali powietrzną walkę polskich myśliwców z dwoma bombowcami niemieckimi. Samoloty wroga nie zostały zniszczone, ale polscy lotnicy zmusili je do odwrotu w kierunku zachodnim. Po chwili słychać było detonacje, zapewne samoloty niemieckie zrzuciły ładunki, by osiągnąć wyższy pułap lotu i uciec polskim myśliwcom.
Nauka w szkole w Przytocznie, ale także w Łysobykach, nie rozpoczęła się 1 września ani w kolejnych dniach. W Przytocznie budynek szkolny początkowo zajęło Wojsko Polskie, ale po paru tygodniach wojny w szkole zakwaterowali się Niemcy.
Kolejne dni dla mieszkańców Łysobyk były względnie spokojne. Nie mało w tym zasługi ks. Kazimierczaka, który uspokajał ludzi, zachęcał do pracy w polu.
9 września bombardowane było Przytoczno: spłonął jeden dom, stodoła, wybuch uszkodził fragment muru cmentarza. Życie straciły 4 dorosłe osoby i dwoje dzieci. Zginął Pietrzak i Cygan – pracownicy majątku oraz dwie kobiety z dziećmi w folwarku Wojciechów. Trafiła je bomba, rozrywając ciała. Strach padł na Przytoczan, ludzie wyprowadzali się ze wsi. Lęk ogarnął także mieszkańców Łysobyk, wielu z nich uciekło do okolicznych miejscowości: Ostrowa, Stawika, Węgielec czy Chudowoli. Ludzie obawiali się, że ze względu na mosty Łysobyki będą bombardowane, stąd zapewne ta panika.
Po raz kolejny Łysobyczanie przeżywają ciężkie chwile w nocy z 10 na 11 września. Do urzędu gminnego przyszedł Gruczkowski, Łysobyczanin, z artylerii lotniczej z Dęblina i poinformował miejscowych urzędników, iż Polacy zdążyli tylko wykręcić iglice z armat i uciekli przed Niemcami. Zapewnił, że nad ranem Niemcy będą w Łysobykach. W tym całym poruszeniu jakiś kapitan kazał rąbać mosty na Wieprzu. Okazało się, iż mostów nie kazano ścinać, była to dywersja. Kapitana, który wydał ten rozkaz, już nie było. Jednak podłożono ładunki wybuchowe i przygotowywano się do wysadzenia mostów. Mostów nie wysadzono.
W poniedziałek 11 września o świcie w urzędzie gminnym była sanitariuszka jednej z jednostek wojskowych, która przekazała, iż koło Kłoczewa stał duży oddział wojska polskiego. Opowiadała o bohaterstwie polskich żołnierzy rzucających się z granatami na czołgi nieprzyjaciela. Tego samego dnia ktoś rozpowszechniał plotkę, jakoby za Wieprzem żołnierze sypali okopy. Na domiar złego policjanci z miejscowego posterunku odjechali, a w zasadzie uciekli, furmankami z Łysobyk. Bracia kapucyni, goszczeni przez ks. proboszcza, o świcie opuścili Łysobyki. Niepokój ponownie ogarnął mieszkańców. Nastroje paniki opadły w późnych godzinach rannych, kiedy to trzech podchorążych oświadczyło, że wojska niemieckiego nie ma w Dęblinie.
12 września do Łysobyk przybyli kolejni uciekinierzy, była to 6-cio osobowa rodzina Liszków ze Śląska. Pan Liszka był kierownikiem warsztatów kolejowych w Katowicach. Jechali pociągiem ewakuacyjnym, pod Radomiem pociąg został zbombardowany. Pieszo dotarli do Łysobyk. Przebywali na plebanii do października. Jedynie pan Liszka wyjechał do Kowla, gdzie miała przebywać jego dyrekcja i wypłacać pracownikom pensje. Niestety nie znalazł kierownictwa i wrócił do Łysobyk. Nie zastał już na plebanii swoich bliskich, ale sam pozostał i wziął udział w bitwie pod Kockiem i Serokomlą.
13 września przechodziła przez Łysobyki zmotoryzowana brygada Andersa. Ulokowała się za Wieprzem, by po bitwie pod Miłosną odpocząć i przeorganizować się. Miejscowy proboszcz gościł na plebanii oficerów. Dowiedział się od nich o braku karności wśród kadry oficerskiej. Podczas bitwy dwaj lekarze zabrali samochód sanitarny i uciekli do Warszawy, zostawiając rannych bez opieki.
14 września przybył do Łysobyk malarz artysta Wodyński z kilkoma znajomymi. Zatrzymał się na plebanii. Przestraszony opowiadał, że Niemcy są już w Żelechowie, Stoczku i Łukowie. Tego samego dnia wszyscy odjechali.
Niepokój i poczucie zagrożenia wpływały destrukcyjnie na postawy mieszkańców. W nocy okradziono sklep prowadzony przez spółdzielnię „Nasz sklep”.
Po wyjeździe malarza Wodyńskiego tego samego dnia przybyła do Łysobyk kolejna grupa uciekinierów. Byli to malarze artyści Kokoszko i Sławiński oraz Jaworowski, lekarz medycyny i jednocześnie pracownik naukowy Uniwersytetu Warszawskiego. Gościł ich ks. Kazimierczak. Wracali do Warszawy aż z Włodzimierza Wołyńskiego, gdzie zapędził ich rozkaz ewakuacji.
Tego samego dnia na plebanię przybyli także porucznik i podporucznik Adamczewski. Podporucznik pochodził z Żelechowa. Jego matka była Niemką, uczyła j. niemieckiego w żelechowskim gimnazjum. Pozostała we wspomnieniach mieszkańców miasteczka jako bardzo porządna kobieta. Oficerowie usiłowali namówić lekarza Jaworowskiego do wstąpienia do wojska, gdyż ich jednostka nie miała opieki lekarskiej. Doktor odmówił, tłumacząc się brakiem środków opatrunkowych. Jak twierdził, bez tego jego obecność byłaby bezużyteczna. Malarze i lekarz dwa dni później udali się w kierunku Puław.
Następnego dnia, tj. 18 września, Łysobyki opuściła kolejna grupa uciekinierów, były to panie z Częstochowy. Jedna z nich Chołdykowa wraz z synami skierowała się w kierunku Kowla, ale dojechała tylko do Włodawy i zawróciła w kierunku Częstochowy. Druga z nich – Grecowa z córką odjechała samochodem wraz oficerami. Dotarły tylko w okolice Lubartowa i pieszo wróciły do Łysobyk.
Tego samego dnia w mieszkaniu nauczyciela w Blizocinie zebrała się grupa gospodarzy. Rozmawiali, w oparciu o skąpe komunikaty radiowe, o obronie Warszawy. To że stolica nadal broniła się, podnosiło ich na duchu. Przygnębiła ich wiadomość o wkroczeniu Sowietów do Polski i ucieczka rządu oraz naczelnego dowództwa do Rumunii.
W nocy z 18 na 19 września próbowano wysadzić mosty, potężny huk obudził mieszkańców. Tego dnia w Łysobykach rozmowy zdominowane były nie tylko sprawą próby zniszczenia mostów, rozchodziły się także pogłoski o bolszewikach. Dyskusje były na tyle żywe, iż ks. zmuszony był przestrzec wiernych przed nowym agresorem.
19 września w Blizocinie gruchnęła wiadomość, że Niemcy są w Sobieszynie. Obawiano się, iż niebawem przybędą do Blizocina. I rzeczywiście przyjechały trzy niemieckie patrole motocyklowe, ale tylko przejechały przez wieś i skierowały się na Łysobyki. Kilka dni później ponownie we wsi ukazał się patrol niemiecki. Zatrzymał się przed szkołą oraz koło przeprawy promowej, po czym udał się w kierunku Łysobyk. Od tych przyjazdów wroga do końca września Niemców w Blizocinie nie było, ale w niedalekim Podlodowie u Meiznera i Przytocznie u Kuszlla stacjonowały zmotoryzowane oddziały wroga.
Na przełomie pierwszej i drugiej połowy września w Łysobykach krótko przebywali żołnierze z 95 Pułku Piechoty Rezerwowej 39 Dywizji Piechoty Rezerwowej pod dowództwem gen. Brunona Olbrychta. To w tym czasie odbyła się narada, co zaskutkowało podjęciem ważnej decyzji. Zadanie wykonano nocą w bardzo ścisłym gronie osób. Oprócz wojskowych obecny był też ks. Jan Kazimierczak oraz miejscowy cieśla.
Przez gminę Łysobyki przechodziły jeszcze rozbitki jednostek polskich, ale powszechne było przekonanie, że lada dzień przybędą Niemcy. Niemcy przybyli do Łysobyk 21 września. Czterech żołnierzy niemieckich wpadło na plebanię i do kościoła podczas mszy, ale odeszli. Około 30-tu Niemców zatrzymało się na Drewniku. Tego samego dnia wieczorem ksiądz gościł na plebanii 60-ciu polskich żołnierzy i 4-ech oficerów. Grupa zmierzała w kierunku Łęcznej. Ksiądz zasugerował dowódcy, by zlikwidowali Niemców stacjonujących na Drewniku. Porucznik odmówił, twierdząc, iż ma rozkaz kierowania się na Ostrów.
Następnego dnia, tj. 22 września, ponownie na plebanii byli goszczeni polscy żołnierze, tym razem był to patrol szwadronu kawalerii, który zatrzymał się w drodze do Warszawy. Oddział ten został rozbity 30 września. 29 żołnierzy, w tym oficerowie, oddali życie, część uciekła, a ok. 50 dostało się do niewoli.
W tych dniach pełnych napięć i niepewności uaktywnili się w Łysobykach dwaj szpiedzy. Jeden z nich najprawdopodobniej pracował na lotnisku w Dęblinie. W każdym razie był tam widywany przez niejakiego Kępę, mieszkańca Łysobyk. Po przybyciu do Łysobyk zatrzymał się u miejscowego Żyda Szyi Szlama, który przed wojną dostarczał towar do Dęblina na lotnisko. Drugi, mający ok. 50-ciu lat, podawał się za pocztowca. Krytykował polską administrację, namawiał miejscową inteligencję do nawiązywania łączności z żołnierzami ukrywającymi się w lasach.
Niemcy ponownie przybyli do Łysobyk w piątek 22 września, ale oświadczyli, iż nie będą tu stacjonować długo, gdyż tereny te aż do Wisły zajmą bolszewicy. Informację tę potwierdziło radio niemieckie. Pięć dni później Sowieci byli już w Radzyniu Podlaskim. Nastroje wśród społeczeństwa zaczęły się szybko zmieniać. Szczególnie aktywni byli młodzi Żydzi, zbierali się na rynku i dyskutowali, szerzyli propagandę bolszewicką. Miejscowi komuniści dzielili już majątek Kazimierza Kuszlla, dziedzica dóbr Przytoczno, ale też parcelowali ziemię parafialną i sad. Ksiądz Kazimierczak ponownie przestrzegał mieszkańców Łysobyk, mówiąc, iż „wróg ze wschodu nie po to przyjdzie, żeby nam coś dać, lecz by wziąć.” Bolszewicy nie przyszli, zaś kilku Żydów wyjechało za Bug.
Przez cały czas na plebanii zatrzymywali się uchodźcy: pan Wentulez z Warszawy wraz z żoną, pan Kotarba z Gdyni, ks. Malisak z Kielc, księża z Bąblina i Łodzi, zakonnicy oblaci z poznańskiego, oficerowie, którzy zamieniali mundury na ubrania cywilne. Jedni zatrzymywali się na chwilę inni na kilka dni.
25 września mieszkańcy Blizocina dostrzegli za rzeką Wieprz k. Składowa dwa polskie samochody pełne uzbrojonych polskich żołnierzy, którzy kierowali się z okolic Lublina w kierunku Warszawy. Chłopi z obydwu miejscowości pomogli przejechać samochodom przez rzekę. Niestety jeden utknął na środku Wieprza, ale drugi dotarł do brzegu. Na rozkaz dowódcy zniszczono silnik samochodu stojącego w wodzie. Po odjeździe wojska Blizocinianie wyciągnęli pojazd, następnie rozebrali go na części, które później dostarczono do okupowanej Warszawy.
Na przełomie września i października rozpoczęły się powroty uciekinierów do Warszawy. Niemal każdego dnia jakaś furmanka z ludźmi i dobytkiem zatrzymywała się przed szkołą w Blizocinie. Proszono o możliwość przygotowania ciepłego posiłku, czasem o nocleg. Pojawiali się też zdemobilizowani polscy oficerowie i żołnierze. Jedni uciekli z transportów jenieckich inni ukrywali się, by uniknąć niewoli. Wśród tych ludzi był m.in. kapitan z 63 pp z Brodnicy nad Drwęcą. Zatrzymał się też w szkole na dłużej major Korcz, który z żoną i synem jechał furmanką aż spod Brześcia w kierunku Puław. Po długiej podróży koń wymagał leczenia. Trzy dni później, tj. 30 września, rodzina oficera pośpiesznie opuściła szkołę, gdyż przybył niemiecki patrol motocyklowy z rozkazem, by w szkole przygotować leża dla 20 żołnierzy Wehrmachtu. Rodzina nauczyciela życzliwie przyjęła też powracającego zza Buga sekretarza gminy Ułęż wraz z rodziną.
31 września przyjechali Niemcy. Zakwaterowali się nie tylko w szkole, ale też w domu ludowym i okolicznych domach. Nauczyciel Nieśpiałowski i jego rodzice z ogromnym niepokojem kładli się spać, gdyż obawiali się, iż jakiś porzucony niedopałek papierosa może zaprószyć ogień w klasie pełnej słomy zniesionej na leża dla żołnierzy. 2 i 3 października żołnierze niemieccy opuszczali Blizocin. Motocykle i samochody wroga kierowały się w stronę Dębowej Góry i Łysobyk.
W poniedziałek 2 października miejscowa społeczność żyła nowymi wydarzeniami. Przez Przytoczno w kierunku Kocka zauważono ciąg samochodów pełnych niemieckiego wojska. Dodatkowo w tym czasie rozmowy były wzbogacane informacjami przekazanymi przez dwóch nauczycieli z Łysobyk, Albina Rosolskiego i Stanisława Deputata. Obaj panowie wybrali się rowerami do Łukowa po pensję. Dojechali tylko w okolicę Serokomli, gdzie wojsko polskie odradziło im dalszą podróż. Rozpoczęła się ostatnia bitwa kampanii wrześniowej. Ks. Jan Kazimierczak zanotował: „Godzinami staliśmy za stodołami i patrzyliśmy na szosę kocką czy nie cofają się Niemcy. Nie myśleliśmy o niebezpieczeństwie, pragnęliśmy, by ten bój do nas się przysunął, bo to byłoby oznaką, że nasi zwyciężają.” Inaczej reagowali mieszkańcy Blizocina. Oni też słyszeli odgłosy wystrzałów artyleryjskich, wiedzieli, iż w Łysobykach stało mnóstwo niemieckiego wojska, ale nikt nie wiedział, kto atakuje Niemców od wschodu. Dopiero czwartego września jeden z mieszkańców Blizocina wrócił z pola koło Budzisk i przekazał wiadomość, iż słyszane wybuchy to walka oddziałów polskich z Niemcami w okolicy Serokomli, Helenowa i Woli Gułowskiej.
W tym czasie w Mesznie za Wieprzem pokazał się szwadron kawalerii. Żołnierze chcieli się przyłączyć do walczących, ale konie mieli pomęczone i głodne. Kazimierz Kuszell, właściciel majątku w Przytocznie, ofiarował owies dla koni. Pomimo okazanego wsparcia nie dołączyli do walczących oddziałów Kleeberga. Zostali namierzeni przez mieszkańca Drewnika, Artura Zygę, w połowie Niemca po matce. Uprzedzeni przez ks. Kazimierczaka skierowali się w nieznanym kierunku.
Wraz z zakończeniem walk żołnierzy gen. Franciszka Kleeberga z niemieckim XIV Korpusem Zmotoryzowanym zakończyła się wojna obronna Polski. Dla Polaków, także mieszkańców gminy Łysobyki, nadszedł czas wielkiej próby. Niestety, nie wszyscy ją przeszli. Na Drewniku mieszkał Artur Zyga. Jego matka była Niemką pochodzącą z Prus Wschodnich. W rodzinie to ona miała ogromny wpływ na wychowanie dzieci, zaszczepiła im silny pierwiastek kultury niemieckiej. Wraz z przybyciem Niemców, Artur dołączył do nich, stał się ich przewodnikiem. Wskazywał, gdzie są polskie oddziały.
Kiedy przyszli Niemcy, wzrosły ceny produktów rolnych. Chłopi zaczęli się cieszyć. Niektórzy mieszkańcy wsi Niedźwiedź mawiali: Teraz dopiero nam dobrze – za Polaków już byśmy nie wytrzymali. Nieliczni mieszkańcy Woli Blizockiej wznosili okrzyki: Niech żyje Hitler! Kiedy należało płacić podatki, odstawiać kontyngenty, przyszły wywózki na roboty przymusowe, terror – postawa tych osób uległa radykalnej zmianie.
Innym negatywnym zachowaniem były skargi kierowane do Niemców. W Woli Blizockiej Władysław Cygan doniósł władzom niemieckim na Genowefę Mich, mieszkankę Woli, iż ta była sanitariuszką w oddziale lotniczym Wojska Polskiego.
Miejscowa inteligencja i dwory okazały w pełni postawy patriotyczne.